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Analisi di genomica comparativa (CGH)

L’analisi array-CGH, è una metodica d’indagine basata sull’ibridazione comparativa del genoma su array (array-based Comparative Genomic Hybridization). Tale indagine ha il fine di identificare alterazioni del DNA note come variazioni del numero di copie, che non sono rilevabili con altre tecniche di citogenetica convenzionale. Le variazioni del numero di copie possono essere delezioni, perdite di porzioni di genoma, o duplicazioni/amplificazioni che consistono nella presenza di copie in eccesso di segmenti di DNA. Queste anomalie del DNA possono essere la causa di diverse patologie costituzionali, come le sindromi associate a ritardo mentale, le sindromi malformative, i disturbi neurologici (es. autismo ed epilessia) e di diverse patologie tumorali.

Microgem Lab fornisce il servizio di “Analisi di genomica comparativa (CGH)” mediante microarray per la determinazione di variazioni del numero di copie di DNA. Possibilità di analizzare DNA estratto da sangue, cellule e tessuti di un’ampia varietà di organismi e specie.

Workflow del servizio di “Analisi di genomica comparativa CGH”.

  • Consulenza – Una consulenza gratuita vi sarà fornita per l’ottimizzazione del progetto (numero campioni da analizzare, metodologia, costi)
  • Invio del campione – Il campione da analizzare (DNA genomico estratto da sangue, cellule e tessuti di uomo, topo e ratto e altre specie) dovrà possedere requisiti di integrità e purezza che dovranno essere conformi agli standard adottati nel laboratorio Microgem. Durante la fase di consulenza saranno forniti consigli sulla metodica di estrazione da adottare. In alternativa è possibile usufruire della nostra esperienza nell’isolamento del DNA.
  • Controllo di qualità del campione (QC) – Dopo aver ricevuto i campioni di DNA, i nostri ricercatori valuteranno l’integrità e la purezza di ogni campione inviato mediante lettore per microvolumi MaestroNano e Bioanalyzer. Saranno altresì valutati possibili contaminazioni per ogni campione. I risultati di questa analisi saranno inviati prima di proseguire con le successive fasi del servizio.
  • Digestione del DNA genomico – Il DNA genomico, verrà digerito con enzimi di restrizione Alu I e RSA I. Una verifica della digestione verrà effettuata mediante analisi su gel di agarosio.
  • Marcatura, ibridazione e lettura del microarray – Il campione di DNA sperimentale e il DNA reference saranno marcati, rispettivamente, con Cyanine5-dUTP e Cyanine3-dUTP, purificati e co-ibridati su microarray specifico. Dopo i lavaggi il microarray verrà analizzato mediante scanner e verrà effettuata l’analisi dell’immagine.
  • Analisi dei dati – Analisi dei rapporti Cyanine5/Cyanine3, normalizzazione.
  • Analisi statistica dei dati –Identificazione e quantificazione delle regioni genomiche aberranti mediante specifici algoritmi (Z-score, ADM-1 e ADM-2).
  • Relazione finale – A conclusione del progetto verrà consegnata una relazione finale comprensiva dei risultati delle varie fasi di sviluppo del progetto. I risultati presentati nella relazione potranno essere discussi con il team scientifico.