SERVIZII nostri servizi

NGS Sequenziamento whole genome (batteri, virus, funghi)

Il sequenziamento dell’intero genoma di microrganismi (batteri, virus e funghi) rappresenta un importante strumento per la mappatura di genomi di nuovi organismi, per la rifinitura di genomi di organismi noti, o per confrontare genomi su più campioni. Il sequenziamento dell’intero genoma di microrganismi è importante per ottenere genomi di riferimento accurati, per l’identificazione di microrganismi (metagenomica) e per studi di genomica comparata.

Il sequenziamento de novo dell’intero genoma comporta l’assemblaggio del genoma senza l’uso di un genoma di riferimento ed è spesso usato per sequenziare genomi di nuovi microrganismi.

Il risequenziamento dell’intero genoma comporta il sequenziamento dell’intero genoma di batteri, virus, o altri microrganismi e il confronto della sequenza ottenuta con quella di un riferimento noto. Ciò permette la rilevazione di mutazioni a bassa frequenza, inserzioni e delezioni, e la rilevazione di varianti genetiche tra ceppi di microrganismi.

Sequenziamento Shotgun

Estremamente versatile, permette di analizzare l’intero spettro di variazioni genomiche (SNPs, inserzioni, delezioni, nuovi geni o regioni genomiche).

Workflow del servizio “Sequenziamento shotgun”.

  • Consulenza – Una consulenza gratuita vi sarà fornita per l’ottimizzazione del progetto (numero campioni da analizzare, metodologia, costi)
  • Invio del campione – Il campione da analizzare (DNA genomico da batteri, virus, funghi) dovrà possedere requisiti di integrità e purezza che dovranno essere conformi agli standard adottati nel laboratorio Microgem. Durante la fase di consulenza saranno forniti consigli sulla metodica di estrazione da adottare. In alternativa è possibile usufruire del nostro service di isolamento di DNA.
  • Controllo di qualità del campione (QC) – Dopo aver ricevuto i campioni di DNA, i nostri ricercatori valuteranno l’integrità e la purezza di ogni campione inviato mediante lettore per microvolumi MaestroNano e Bioanalyzer. Saranno altresì valutati possibili contaminazioni per ogni campione. I risultati di questa analisi saranno inviati al ricercatore prima di proseguire con le successive fasi del servizio.
  • Preparazione della library – La preparazione della library prevede la frammentazione del DNA genomico. Purificazione dei frammenti ai quali vengono ligati adapters specifici per la piattaforma di sequenziamento. Purificazione e quantizzazione della library.
  • Amplificazione e sequenziamento della library – In questa fase è prevista l’amplificazione clonale della library e il sequenziamento su piattaforma NGS.
  • Analisi dei dati – L’analisi dei dati verrà effettuata mediante filtraggio delle reads. Orientamento, ordinamento e sovrapposizione delle reads, assemblaggio in sequenze contigue, organizzazione delle regioni contigue in scaffold, mappaggio delle sequenze contigue a genomi di riferimento. Rilevazione e quantificazione di varianti note e nuove varianti (SNPs, inserzioni, delezioni e varianti strutturali).
  • Relazione finale – A conclusione del progetto verrà consegnata una relazione finale comprensiva dei risultati delle varie fasi di sviluppo del progetto. I risultati presentati nella relazione potranno essere discussi con il team scientifico di Microgem.

Sequenziamento paired-end

Il sequenziamento paired-end rappresenta una eccellente soluzione per i progetti di sequenziamento de novo e per l’assemblaggio di elevata qualità di genomi più complessi, quando sono presenti regioni ripetute o quando esistono riarrangiamenti strutturali.

Workflow del servizio “Sequenziamento paired end”.

  • Consulenza – Una consulenza gratuita vi sarà fornita per l’ottimizzazione del progetto (numero campioni da analizzare, metodologia, costi)
  • Invio del campione – Il campione da analizzare (DNA genomico da batteri, virus, funghi) dovrà possedere requisiti di integrità e purezza che dovranno essere conformi agli standard adottati nel laboratorio Microgem. Durante la fase di consulenza saranno forniti consigli sulla metodica di estrazione da adottare. In alternativa è possibile usufruire del nostro service di isolamento di DNA.
  • Controllo di qualità del campione (QC) – Dopo aver ricevuto i campioni di DNA, i nostri ricercatori valuteranno l’integrità e la purezza di ogni campione inviato mediante lettore per microvolumi MaestroNano e Bioanalyzer. Saranno altresì valutati possibili contaminazioni per ogni campione. I risultati di questa analisi saranno inviati al ricercatore prima di proseguire con le successive fasi del servizio.
  • Preparazione della library – La preparazione della library prevede la frammentazione del DNA genomico. Ad entrambe le terminazioni dei frammenti di DNA vengono ligati adapters che permetteranno la circolarizzazione del DNA che verrà ulteriormente frammentato. Successivamente verranno ligati adapters specifici per la piattaforma di sequenziamento.
  • Amplificazione e sequenziamento della library – In questa fase è prevista l’amplificazione clonale della library e il sequenziamento su piattaforma NGS.
  • Analisi dei dati – L’analisi dei dati verrà effettuata mediante filtraggio delle reads. Orientamento, ordinamento e sovrapposizione delle reads, assemblaggio in sequenze contigue, organizzazione delle regioni contigue in scaffold, mappaggio delle sequenze contigue a genomi di riferimento. Rilevazione e quantificazione di varianti note e nuove varianti (SNPs, inserzioni, delezioni e varianti strutturali).
  • Relazione finale – A conclusione del progetto verrà consegnata una relazione finale comprensiva dei risultati delle varie fasi di sviluppo del progetto. I risultati presentati nella relazione potranno essere discussi con il team scientifico di Microgem.