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NGS Sequenziamento dell’esoma mediante arricchimento

Il sequenziamento dell’esoma rappresenta una strategia efficace per sequenziare in maniera selettiva le regioni codificanti del genoma in maniera meno costosa, ma comunque un’efficace alternativa al sequenziamento dell’intero genoma. L’esoma umano contiene circa 180.000 esoni. Questi costituiscono circa l’1% del genoma umano o circa 30 megabasi. Sequenziando l’esoma è possibile individuare la variazione funzionale responsabile di molte patologie mendeliane e complesse.

Workflow del servizio “Sequenziamento dell’esoma mediante arricchimento ”.

  • Consulenza – Una consulenza gratuita vi sarà fornita per l’ottimizzazione del progetto (numero campioni da analizzare, metodologia, costi)
  • Invio del campione – Il campione da analizzare (DNA) dovrà possedere requisiti di integrità e purezza che dovranno essere conformi agli standard adottati nel laboratorio Microgem. Durante la fase di consulenza saranno forniti consigli sulla metodica di estrazione da adottare. In alternativa è possibile usufruire del nostro service di isolamento di DNA.
  • Controllo di qualità del campione (QC) – Dopo aver ricevuto i campioni di DNA, i nostri ricercatori valuteranno l’integrità e la purezza di ogni campione inviato mediante lettore per microvolumi MaestroNano e Bioanalyzer. Saranno altresì valutati possibili contaminazioni per ogni campione. I risultati di questa analisi saranno inviati al ricercatore prima di proseguire con le successive fasi del servizio.
  • Preparazione della library – La preparazione della library prevede la frammentazione del DNA genomico. Ai frammenti di DNA verranno ligati adapters specifici per la piattaforma di sequenziamento. La library, dopo purificazione, sarà amplificata, purificata e ibridata ad un pool di oligonucleotidi specifici per le regioni esoniche. Mediante lavaggi, verranno rimossi i frammenti di DNA non ibridati ed eluiti i frammenti ibridati. La fase successiva prevede un’amplificazione mediante PCR (library), la purificazione mediante biglie e la quantizzazione della library.
  • Sequenziamento della library – In questa fase è prevista l’amplificazione clonale della library e il sequenziamento su piattaforma NGS.
  • Analisi dei dati – L’analisi dei dati verrà effettuata mediante filtraggio delle reads. Mappatura a sequenze di riferimento. Rilevazione di varianti genetiche (SNPs, inserzioni, delezioni).
  • Relazione finale – A conclusione del progetto verrà consegnata una relazione finale comprensiva dei risultati delle varie fasi di sviluppo del progetto. I risultati presentati nella relazione potranno essere discussi con il team scientifico di Microgem.